補助金申請代行の費用相場は？失敗しないための料金比較と業者の選び方

補助金を活用したいけれど

「申請手続きが複雑で時間がない」

「費用を抑えて確実に補助金を受け取りたい」

とお考えの方にとって、補助金申請代行は強い味方です。

しかし、依頼する際に気になるのが、費用ではないでしょうか。

本記事では、補助金申請代行の費用相場から料金体系、さらには補助金の種類ごとの特徴的な費用や数ある代行業者の中からご自身に合った業者を見つけるための比較検討ポイントや注意点をご紹介します。ぜひ、補助金活用の第一歩としてお役立てください。

※有償での補助金書類作成は行政書士だけに限定されます。本記事では、読みやすさのため事業者の間でよく使われる「代行」という言葉を多用していますが、実際には「支援」であると読み替えてください。

補助金申請代行費用の基本の相場観

補助金申請代行とは、対象となる補助金の診断から申請書類の作成などをサポートするサービスのことです。税理士、行政書士、社労士、中小企業診断士、コンサルタント等の補助金の専門家によって提供されています。

参考：補助金申請の代行は誰に頼むべき？専門家の選び方や相場を解説

補助金申請代行の費用は、主に着手金と成功報酬の組み合わせで構成されることが一般的です。

着手金は申請サポートの開始時に支払う費用で、数万円から数十万円が相場です。一方、成功報酬は補助金が採択された場合に発生する費用で、採択された補助金額の一定割合（例：5%〜20%）が一般的です。

費用相場は、申請する補助金の種類や難易度、支援事業者によって大きく異なります。

例えば、小規模事業者持続化補助金やIT導入補助金のように比較的申請しやすい補助金では費用を抑えられる傾向がありますが、ものづくり補助金や事業再構築補助金のような大規模な補助金では、事業計画のボリュームや採択難易度が上がるため、費用が高くなる傾向があります。

【種類別】補助金申請代行費用の相場

補助金申請代行の費用は、申請する補助金の種類によって大きく変動します。ここでは、主要な補助金ごとの費用相場と考え方について解説します。

ものづくり補助金の費用相場

引用元：ものづくり補助金

ものづくり補助金は、中小企業や小規模事業者が革新的な製品開発、サービス改善、生産プロセス効率化のための設備投資などを国が支援する補助金です。

生産性向上と賃上げを目指す事業者を対象とし、補助上限額は最大4,000万円（従業員数や枠による）、補助率は1/2または2/3です。

ものづくり補助金申請代行の費用相場は、着手金が5万円から15万円、そして成功報酬として補助金額の10%から20%程度が目安になります。

ものづくり補助金は事業計画の策定が非常に重要になるため、専門知識と経験を持つ支援事業者を選ぶことで、計画のブラッシュアップや技術的な内容の表現方法において質の高いサポートを提供してくれるでしょう。

参考：ものづくり補助金とは？対象者や申請要件、補助額、申請方法をわかりやすく解説

中小企業新事業進出補助金の費用相場

引用元：新事業進出補助金

中小企業新事業進出補助金は、中小企業が既存の事業とは異なる新規事業にかかる設備投資等を支援する補助金です。

中小企業新事業進出補助金の申請代行費用は、着手金が5万円から15万円ほどで、成功報酬は補助金額の10%から20%程度が目安になります。

中小企業新事業進出補助金は大規模投資にも適用可能であり、採択されるには高度な戦略性と具体性を持つ事業計画が不可欠です。

そのため、支援事業者は市場や競合の分析、財務計画の策定といった多岐にわたる専門的なコンサルティングを依頼することで、申請を強力にサポートしてくれるでしょう。

参考：中小企業新事業進出補助金とは？対象者や補助額、対象経費、申請スケジュールを解説

中小企業省力化投資補助金の費用相場

引用元：中小企業省力化投資補助金

中小企業省力化投資補助金は、人手不足に悩む中小企業が、IoTやAI、ロボットなどの汎用製品・サービスを導入し、省力化や自動化を進めることで生産性向上を図るための設備投資などを支援する補助金です。

中小企業省力化投資補助金の申請代行費用は、着手金は10万円から15万円ほど、成功報酬は補助金額の10%から15%程度が目安です。

この補助金は設備投資やシステム開発が主な目的であるため、支援事業者は導入する設備の選定や費用対効果（ROI）の算出といった具体的な投資計画の策定を重点的に支援してくれる支援事業者を選びましょう。

参考：中小企業省力化投資補助金（一般型）とは？カタログ注文型との違いや活用例・申請手順も解説

大規模成長投資補助金の費用相場

引用元：中堅・中小成長投資補助金

大規模成長投資補助金（中堅中小成長投資補助金）は、地域の雇用を支える中堅・中小企業が、人手不足に対応しつつ成長するため、工場新設や大規模設備投資など10億円以上の投資を行う際に国が支援する補助金です。労働生産性の向上と、地方での持続的な賃上げ実現を目的としています。

大規模成長投資補助金の申請代行費用は、着手金が20～30万円程度、成功報酬は補助金額の2%から7%前後が目安ですが、投資額が億を超えることが一般的のため、報酬の上限金額が設定されていることが多いです。

この補助金は大規模な投資を伴うため、経済波及効果や地域貢献度が審査の重要なポイントとなります。そのため、詳細な事業計画、資金調達計画、リスク分析など、非常に専門性の高い支援をしてくれる支援事業者を選ぶことをおすすめします。

参考：大規模成長投資補助金とは？対象者と対象経費、採択率、申請スケジュールを解説

中小企業成長加速化補助金の費用相場

中小企業成長加速化補助金は、中小企業の成長を後押しするための様々な補助金の総称として使われることが多いです。ITツール導入、販路開拓、人材育成、DX推進など、企業の成長戦略に合わせた多岐にわたる取り組みを支援します。

申請代行の費用相場は、着手金が10万円から20万円程度、成功報酬は補助金額の2%から10%程度が一般的です。

中小企業成長加速化補助金は、企業の成長戦略と密接に結びついており、補助金の種類によって申請のポイントが異なります。

支援事業者を選ぶ際は、企業の成長目標に合致する最適な補助金の選定から、それぞれの申請書作成、事業計画の策定まで、包括的なサポートをしてくれる業者を選びましょう。

参考：【2025年度新設】中小企業成長加速化補助金とは

小規模事業者持続化補助金の費用相場

引用元：小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が直面する様々な課題に対応し、持続的な発展を支援するために設けられた補助金です。

具体的には、販路開拓（新たな顧客獲得のための広告宣伝費、店舗改装費など）や、生産性向上（業務効率化のためのITツール導入費など）の取り組みを支援します。

この補助金は、比較的少額の補助金であり、申請手続きも他の大規模補助金と比較すると簡易な傾向です。そのため、個人事業主の方にも広く利用されています。

小規模事業者持続化補助金の申請代行費用は、着手金が5万円から10万円前後、成功報酬は補助金額の10%から20%程度が目安です。

申請の際には、事業計画書の作成が主なポイントとなります。事業者が策定する経営計画書の作成支援や、申請に必要な各種書類の準備サポートなど、基本的な申請プロセス全般を支援してくれる支援事業者を選びましょう。

参考：小規模事業者持続化補助金とは？対象者や補助額、申請方法、スケジュールを解説

IT導入補助金の費用相場

引用元：IT導入補助金

IT導入補助金は、中小企業や小規模事業者が、自社の課題やニーズに合ったITツール（ソフトウェア、サービス等）を導入する際の経費の一部を国が補助することで、業務効率化や生産性向上を支援する制度です。

IT導入補助金の申請代行費用は、着手金が5万円から10万円程度、成功報酬は補助金額の10%から20%程度が目安です。ただし、固定費用型や成功報酬のみのプランを提供する業者もあります。

この補助金は、導入するITツールの選定が非常に重要で、IT導入支援事業者との連携が必須となります。支援事業者は、貴社の経営課題をヒアリングし、最適なITツールの選定支援、事業計画の作成、そしてIT導入支援事業者との調整など、申請から導入までの一連のプロセスをサポートしてくれる業者を選びましょう。

参考：IT導入補助金とは？補助額や申請方法、スケジュール、注意点などを解説

事業承継・M&A補助金の費用相場

引用元：事業承継・M＆A補助金

事業承継・M&A補助金は、中小企業や小規模事業者が生産性向上や持続的な賃上げを目指し、事業承継やM&A（合併・買収）を契機として新たな取り組みを行う際の費用を支援する補助金です。

具体的には、事業承継に際しての設備投資、M&AやPMI（M&A後の経営統合）に係る専門家活用費用などが補助対象となります。

この補助金には、主に「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」といった複数の枠があり、それぞれ目的や補助対象経費が異なるので注意が必要です。

事業承継・M&A補助金の申請代行費用は、着手金が10万円から、成功報酬は補助金額の10%から20%程度が目安ですが、M&Aの規模や依頼内容によって費用は大きく変動することがあります。

事業承継やM&Aという専門性の高い領域が絡むため、財務、法務、事業戦略に関する深い知識が必要です。支援事業者は、事業計画の策定支援に加え、M&A戦略の相談や実行支援、デュー・ディリジェンス（DD）費用に関するアドバイスなど、非常に専門的な支援事業者を選びましょう。

参考：事業承継・M&A補助金とは？制度概要や対象者、補助額、申請方法などを解説

失敗しない補助金申請代行業者の選び方

補助金申請代行業者を選ぶ際には、費用だけでなく、以下の5つのポイントが重要です。

• 豊富な実績と経験

• 事業に合った専門性

• 料金体系は明確で透明性があるか

• 丁寧なヒアリングと親身な対応

• 契約内容を細部まで確認できるか

過去の採択実績や、あなたの申請したい補助金に関する専門知識があるか、実績と経験を確認しましょう。

大手のファームなどでは、事前のヒアリング担当者と実際の執筆担当者が異なる場合があります。実際に支援を行う担当者と事前に面談をし、信頼できる人かどうかを確認しておきましょう。

成功事例や利用者の声も参考になります。次に、補助金は種類が多く専門性が求められるため、業種や事業内容、申請したい補助金分野の専門的な知識を持つ事業者を選ぶと、的確なサポートが期待できるでしょう。

また、着手金や成功報酬など、料金体系が明確で透明性があるかをしっかり確認し、不明点は契約前に納得いくまで質問してください。

加えて、親身になって相談に乗ってくれるような、丁寧な対応をする業者を選びましょう。補助金申請は一過性のものではなく入金までの長いプロジェクトになりますので、コミュニケーションがスムーズだと安心です。

最後に、サービス内容や契約期間、解約条件など、契約内容を細部まで確認し、疑問があれば必ず解消しましょう。

これらのポイントを押さえれば、あなたの事業をサポートしてくれる最適な支援事業者を見つけられるはずです。

補助金の申請代行におすすめの業者

補助金申請代行を依頼できる専門家や機関はさまざまです。

• 税理士

• 行政書士

• 社労士

• 中小企業診断士

• 金融機関

• コンサルティング会社

ここからは、それぞれの特徴を紹介します。

税理士

税理士は、財務・会計の専門家として、事業計画の数値策定から補助金受給後の税務処理まで一貫してサポートできる部分が強みです。

普段から顧問税理士と連携しているようであれば、事業状況を把握しているため、スムーズな連携が期待できるでしょう。

費用については、小規模な補助金では着手金3〜8万円程度、中規模で8〜15万円程度、大規模では10〜20万円程度が一般的で、成功報酬は補助金額の8〜20%程度が相場です。

行政書士

行政書士は、書類作成の専門家として、補助金申請に必要な書類の作成や提出代行に長けています。

許認可の多い業界などでは、専門知識を活用した支援が期待できるでしょう。

社労士

社労士（社会保険労務士）は、雇用や人材に関する助成金申請において高い専門性を持ち、適切な申請サポートを提供してくれます。

補助金と異なり厚労省管轄の助成金申請は社労士の独占業務として定められています。助成金申請の場合には必ず必要になるパートナーとなります。

中小企業診断士

中小企業診断士は、経営コンサルティングの専門家として、事業計画の策定支援や経営課題の解決策提案など、戦略的な視点から補助金申請をサポートし、事業計画の質を高めたい場合に強みを発揮します。

補助金申請の他にも販路拡大やマーケティング、IT、採用など、軸となる専門スキルを持った専門家がいます。自社にあった人を選ぶようにしましょう。

金融機関

金融機関は、融資と合わせて補助金活用のアドバイスを行うケースがあり、資金調達全般について相談できる点が大きなメリットと言えるでしょう。

補助金申請においては金融機関の融資姿勢が採択結果に影響を及ぼします。補助金サポートを依頼するかどうかとは別に、準備段階で協業が必要なパートナーになります。

費用に関しては、金融機関独自の料金体系を持つことがあり、また具体的な申請サポートは外部委託であるケースが多いので、その点はあらかじめ注意しておきましょう。

中小企業向けコンサルティング会社

中小企業向けコンサルティング会社は、中小企業の経営支援に関する様々なノウハウを保有しています。中には補助金申請サポートに特化している会社もあり、様々な補助金の最新情報や申請ノウハウを豊富に持っています。

中小企業向けコンサルティング会社には中小企業診断士が所属していることもあります。補助金に特化した支援を受けたい場合は主要な選択肢の一つです。

参考：補助金申請の代行業者おすすめ11選｜かかる費用や業者を選ぶ際のポイントも解説

また、補助金コネクトでも補助金・助成金の検索から申請までをワンストップでサポートしています。

経験豊富なコンサルタントが在籍し、申請書類の作成から資金調達の戦略まで包括的にサポートし、多数の採択実績があります。

「どの補助金が適しているのか分からない」「申請書類が難しくて困っている」といったお悩みをお持ちの方は、ぜひ一度ご相談ください。あなたの事業を成功に導くサポートをいたします。

補助金申請代行業者に依頼するメリット

補助金申請代行業者に依頼することには、以下のメリットがあります。

• 採択率の向上

• 時間と手間の削減

• 最新情報の入手

• 事業計画の質の向上

まず、専門的な知識とノウハウを持つ経験豊富な業者は、採択されるためのポイントを押さえた申請書作成や事業計画のブラッシュアップをサポートしてくれるため、補助金の採択率を大きく高められる点です。

複雑な申請書類の作成、情報収集、行政とのやり取りといった多くの時間と手間がかかる作業をサポートしてもらうことで、経営者は本業に集中できる時間を確保し、大幅な時間と手間の削減につながります。

さらに、補助金に関する情報は常に更新され、募集期間や要件も変動しますが、代行業者は最新の情報を常に把握しており、最適な補助金の提案や制度改正への迅速な対応が可能です。

補助金申請代行業者の依頼で注意すべきポイント

補助金申請代行業者に依頼する際は、いくつかの重要な点に注意が必要です。

まず、「補助金申請代行 違法」というキーワードが示すように、不適切な業者が存在する可能性があり、国民の税金が原資である補助金において、公募要領を逸脱した虚偽申請は厳禁です。

補助金申請に関するアドバイスやサポートに特別な資格は不要ですが、有償での書類作成は行政書士に限定されています。公募要領で事業者自身が行うとされている作業の丸投げも認められない場合があるため、信頼できる業者の見極めが不可欠です。

次に、費用面では安さだけを追求するのではなく、提供されるサービス内容や実績に見合った費用であるかという「費用と成果のバランス」を重視しましょう。採択されるかされないかで事業の見通しは大きく変わりますので、多少の費用差よりも信頼できるパートナーを選ぶことが重要です。

申請過程では業者との密なコミュニケーションが成功の鍵を握ります。事業内容を正確に伝え、不明点は質問してください。「成功報酬のみ」を謳う業者はあとで高額請求を行うなど悪質なケースもあるため、契約内容を必ず確認しましょう。

個人事業主は信用力で不利な場合があるため、特に計画策定支援が手厚い業者を選ぶことがポイントです。

まとめ

補助金申請代行は、複雑な手続きを効率的に進め、採択の可能性を高めるための有効な手段です。

費用やサービス内容は支援事業者によって大きく異なるため、ご自身のニーズに合った最適な業者を見つけることが成功の鍵となります。

この記事で紹介した費用相場や料金体系、補助金ごとの特徴、そして失敗しないための選び方を参考に、複数の業者を比較検討してみてください。

具体的な支援者選びには、実際の採択実績をもとに支援事業者を整理した、【2025年版】補助金業界カオスマップもぜひご活用ください。

中でも一押しは、手前味噌ではありますが実績のある多くの専門家が在籍している補助金コネクトがおすすめです！