電子カルテ導入で使える補助金とは？クリニック・病院の医療DXに活用できる制度を解説

病院やクリニックでは、診療情報の管理や受付・会計業務の効率化、医療スタッフの業務負担軽減などを目的に、電子カルテの導入が進められています。

電子カルテを導入することで、診療記録や検査結果の管理、レセプトコンピューターとの連携、診療情報の共有などを効率化できる可能性があります。

一方で、導入にはシステム本体の費用だけでなく、初期設定費やデータ移行費、既存システムとの連携費、セキュリティ対策費など、まとまった投資が必要です。

そこで検討したいのが、国や地方自治体が実施する補助金・助成金です。

本記事では、電子カルテの導入に活用できる主な補助金について、補助金額・補助率・対象経費・申請時の注意点をわかりやすく解説します。

電子カルテとは？

電子カルテとは、患者の診療情報を電子的に記録・保存・管理するシステムです。

従来の紙カルテでは、診療記録や処方内容、検査結果、過去の診療履歴などを紙で管理する必要がありました。

電子カルテを導入することで、こうした情報の検索や共有が容易になり、診療業務や院内業務の効率化につながります。

電子カルテの主な機能

電子カルテには、主に以下のような機能があります。

• 患者基本情報の管理

• 診療録の入力・保存

• 検査結果や処方内容の確認

• レセプトコンピューターとの連携

• 医事会計システムとの連携

• 予約・問診システムとの連携

• 紹介状・診療情報提供書の作成

• 電子処方箋への対応

• 地域医療連携ネットワークとの接続

• アクセス権限・操作ログの管理

※対応する機能は製品やシステム構成によって異なります。

近年では、クラウド型電子カルテも普及しており、院内サーバーの設置負担を抑えながら導入できるサービスもあります。

また、国では電子カルテ情報共有サービスや電子処方箋など、医療情報のデジタル化・共有に向けた取り組みを進めています。

そのため、電子カルテは院内業務を効率化するだけでなく、医療DXを推進するための重要なシステムとして位置付けられています。

電子カルテ導入によって期待できる効果

電子カルテの導入では、次のような効果が期待できます。

ただし、電子カルテを導入するだけですべての業務が自動化されるわけではありません。

既存システムとの連携や院内の業務フローの見直し、スタッフへの操作研修などを組み合わせることで、より大きな効果が期待できます。

電子カルテ導入に活用できる国の補助金

電子カルテの導入に関連する国の補助金には、中小企業向けのIT導入支援制度や、病院向けの電子カルテ導入・更新支援制度、医療機関の業務効率化を目的とした制度などがあります。

ただし、電子カルテ本体の購入が対象となる制度と、関連システムの改修や連携費用、セキュリティ対策などを支援する制度では、対象経費が異なります。

ここでは、主な制度を紹介します。

デジタル化・AI導入補助金

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者等がITツールを導入し、業務効率化や労働生産性向上に取り組む際に活用できる補助金です。

病院やクリニックについても、医療法人や個人開業医などが申請要件を満たす場合は、活用できる可能性があります。

電子カルテや予約管理システム、問診システム、医事会計システムなどが登録ITツールに該当する場合に検討できます。

通常枠では、対応する業務プロセス数によって補助額が異なります。

電子カルテを導入する場合、まずは導入予定の製品が登録ITツールに該当するかを確認することが重要です。

本制度ではIT導入支援事業者と連携して申請する必要があり、任意の販売会社から購入したシステムがそのまま補助対象になるわけではありません。

また、原則として交付決定前に契約・導入した経費は補助対象外となるため、導入時期にも注意が必要です。

参考記事：デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）とは？補助額や申請方法、スケジュール、注意点などを解説

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：デジタル化・AI導入補助金2026（通常枠）

地域診療情報連携推進費補助金

地域診療情報連携推進費補助金の「医療情報システムのクラウド化に伴う検討事業」は、病院におけるクラウドネイティブ型電子カルテの導入・更新を支援する制度です。

電子カルテ未導入病院が新たにクラウドネイティブ型電子カルテを導入する場合や、オンプレミス型電子カルテからクラウドネイティブ型へ更新する場合などが対象となります。

本制度は、一般的なクリニック向けではなく、病院を対象とした制度です。

また、単にクラウド型の電子カルテを契約すれば対象になるわけではありません。

公募要領で定められたシステム要件や事業実施条件を満たす必要があります。

クラウドネイティブ型電子カルテの導入・更新を検討している病院は、公募要領や受付状況を確認することが重要です。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：厚生労働省 医療情報のデジタル化と利活用

医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業

医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業は、病院がICT機器等を導入し、業務効率化や職場環境改善、生産性向上に取り組むための制度です。

電子カルテ本体の新規導入・更新ではなく、院内業務の効率化に必要なICT機器やサービスの導入、電子カルテ等とのシステム連携費用などを検討する制度です。

対象となるのは、主に以下の要件を満たす病院です。

• 令和8年4月1日時点でベースアップ評価料を届け出ていること

• 保険医療機関コードが発行されていること

• 令和8年4月1日から申請時点までに診療報酬請求の実績があること

• 定量的な目標を含む業務効率化計画を策定すること

• 管理者が委員長となる業務効率化推進委員会を設置すること

本制度では、導入による業務効率化の効果を明確にし、事業実施後も成果について評価を受ける必要があります。

電子カルテ本体の導入・更新費用は補助対象外ですが、対象となるICT機器等の導入に付随する電子カルテとのシステム連携費用は、補助対象となる場合があります。

また、申請した病院がすべて補助対象に選定されるわけではありません。都道府県を通じた申請や国による選定が必要です。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：厚生労働省 医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業

電子カルテ導入に活用できる地方自治体の補助金

国の補助金に加えて、地方自治体でも電子カルテの導入や医療DXを支援する制度が実施されています。

自治体の補助金には、電子カルテ本体の導入を対象とする制度だけでなく、地域医療連携のためのシステム改修や、診療所の新規開設に伴う設備投資を支援する制度もあります。

ここでは、2026年度の実施が確認できた主な制度を紹介します。

東京都 医療機関診療情報デジタル導入支援事業

東京都の「医療機関診療情報デジタル導入支援事業」は、医療機関が新たに電子カルテを導入するために必要なコンサルティング等の費用を支援する制度です。

電子カルテ本体の購入費用ではなく、導入計画の作成や導入コストの算出などを専門家に依頼する場合に活用できます。

紙カルテから電子カルテへ移行する場合、システム選定だけでなく、診療フローや受付・会計業務、データ移行、スタッフ教育などを整理する必要があります。

本制度は、こうした導入前の検討段階で専門家を活用するための制度です。

なお、過去に同じ補助金の交付を受けた医療機関や、対象外とされる開設主体もあるため、申請要件を確認する必要があります。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：東京都 医療機関診療情報デジタル導入支援事業

東京都 診療所診療情報デジタル推進事業

東京都の「診療所診療情報デジタル推進事業」は、都内の医科診療所が電子カルテシステムを新たに導入する際の費用を支援する制度です。

電子カルテの導入を通じて、地域における診療情報の共有・連携を促進することを目的としています。

補助基準額

本制度では、導入する電子カルテがSS-MIX2またはHL7 FHIRによる情報出力に対応するなど、一定のシステム要件を満たす必要があります。

また、電子カルテ導入後1年以内に、地域医療ネットワークまたは東京総合医療ネットワークに閲覧施設として参加することなどが求められます。

補助金交付年度から5年間、事業効果に関する調査への協力も必要です。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：東京都 診療所診療情報デジタル推進事業

東京都 病院診療情報デジタル推進事業

東京都の「病院診療情報デジタル推進事業」は、都内の病院における電子カルテシステムの導入・更新を支援する制度です。

電子カルテの整備を通じて、地域における診療情報の共有・連携を促進することを目的としています。

また、本制度には、電子カルテシステムの運用に伴う事務作業支援も設けられています。

紙カルテから初めて電子カルテを導入した病院など、一定の条件を満たす場合には、診療記録への代行入力や医療機関同士の情報共有を推進する業務に従事する人員の費用が対象となります。

この事務作業支援の基準額は、年間360万円を上限として配置月数に応じて算定されます。

ただし、電子カルテ整備支援と事務作業支援では、それぞれ対象要件が異なります。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：東京都 病院診療情報デジタル推進事業

新潟県 医療施設等業務効率化支援事業

新潟県の「医療施設等業務効率化支援事業」は、医療施設等がICT機器を導入し、業務効率化や生産性向上に取り組むための設備投資を支援する制度です。

電子カルテ本体（ソフトウェア）が補助対象経費として明記されているため、電子カルテを新たに導入したい医療機関が確認しておきたい制度です。

補助上限額

本制度では、電子カルテのほか、レセプトコンピューターや予約管理システム、Web問診、画像・検査データ管理システムなども対象経費として示されています。

一方で、消耗品費やランニングコスト、消費税、振込手数料などは対象外です。

また、公立施設は対象外となります。病院については、国の「医療分野における業務効率化・職場環境改善支援事業」の補助対象に選定された場合、本制度の対象外となります。

2026年度の申請意向届の受付期間は7月23日から8月21日までで、すでに終了しています。

ただし、申請意向届の提出は補助金交付の必須要件ではありません。県の案内では、交付申請書兼実績報告書の提出を11～12月頃に予定しています。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：新潟県 医療施設等業務効率化支援事業

兵庫県 地域における患者情報共有システム充実事業補助金

兵庫県の「地域における患者情報共有システム充実事業補助金」は、医療機関同士の診療情報共有を促進するため、患者情報共有システムの整備を支援する制度です。

電子カルテ本体の購入ではなく、電子カルテから地域の患者情報共有システムへ情報を提供するための接続費用などが補助対象となります。

例えば、病院が保有する電子カルテの診療情報を、地域の医療機関が利用する患者情報共有システムへ提供するために、サーバーや接続機能を整備する取り組みが考えられます。

本制度では、電子カルテと患者情報共有システムを接続するための費用が補助対象となります。

一方で、電子カルテ本体の購入・導入費用は対象外です。

そのため、既存の電子カルテを地域の医療情報共有に対応させたい医療機関に向いている制度です。

2026年度の申請期限は10月30日です。申請要件や必要書類については、公式ページをご確認ください。

公式：兵庫県 地域における患者情報共有システム充実事業補助金

山形県米沢市 診療所開設支援補助金

山形県米沢市の「診療所開設支援補助金」は、市内で診療所を新規開設、または既存診療所の医業を承継する場合に、開設に必要な費用の一部を支援する制度です。

電子カルテだけを導入するための補助金ではありませんが、診療所の開設・承継に伴って電子カルテや医療機器等を整備する場合に活用を検討できます。

本制度では、診療所の開設・承継に関する費用が支援対象となります。

電子カルテの導入についても、開設に必要な設備や備品等として対象となる可能性がありますが、具体的な対象経費への該当性は事前確認が必要です。

また、主な補助要件として、以下が設けられています。

• 開業または承継後、10年以上診療を継続する見込みがあること

• 市内でおおむね週4日以上診療を行うこと

• 米沢市医師会に加入すること

• 市の医療・保健・福祉・介護に関する事業等へ協力すること

• 市税に滞納がないこと

なお、補助金の申請は事業着手前に行う必要があります。

既存の診療所が電子カルテだけを更新する場合には適さないため、新規開設・承継に伴う投資として検討することが重要です。

最新の公募情報は、以下リンクの公式ページよりご確認ください。

公式：米沢市 診療所開設支援補助金（令和8年度）

電子カルテ導入で補助対象となる可能性がある経費

電子カルテ導入に関する補助金では、制度によって対象経費が異なります。

電子カルテ本体の購入が対象となる制度もあれば、関連システムとの連携費用やセキュリティ対策、研修費用のみを対象とする制度もあります。

電子カルテ本体・クラウド利用料

電子カルテの導入で中心となるのが、電子カルテシステム本体の費用です。

対象となる可能性がある経費には、以下のようなものがあります。

• 電子カルテソフトウェアの購入費

• クラウド型電子カルテの利用料

• システム設計・構築費

• 初期設定費

• 標準規格への対応に必要な改修費

ただし、制度によっては電子カルテ本体が補助対象外となる場合もあります。

また、クラウド利用料は補助対象期間に制限が設けられることがあるため、契約期間や支払方法を確認する必要があります。

レセコン・医事会計システムとの連携費用

電子カルテを導入する場合、レセプトコンピューターや医事会計システムとの連携が必要になることがあります。

主に以下のような費用が考えられます。

• レセコン連携費

• 医事会計システム連携費

• オーダリングシステム連携費

• 既存システム改修費

• データ移行費

• マスタ設定費

これらの経費が補助対象になるかは、制度ごとの対象経費区分やシステムとの関連性によって異なります。

予約・問診・会計システム

電子カルテの導入とあわせて、予約や問診、会計業務をデジタル化する場合もあります。

例えば、以下のようなシステムが考えられます。

• Web予約システム

• AI問診システム

• 患者呼び出しシステム

• 受付管理システム

• 自動精算機

• キャッシュレス決済システム

これらのシステムは、受付スタッフの負担軽減や患者の待ち時間削減、診療前の情報整理などに役立ちます。

ただし、デジタル化・AI導入補助金などでは、登録ITツールや補助対象経費の条件を満たす必要があります。

電子処方箋・医療情報連携関連費用

電子カルテ導入では、電子処方箋や医療情報共有サービスへの対応も重要です。

対象となる可能性がある経費には、以下のようなものがあります。

• 電子処方箋対応改修費

• HPKI関連費用

• 地域医療ネットワーク接続費

• 医療情報共有に必要なシステム改修費

• HL7 FHIR等の標準規格対応費用

• SS-MIX2への情報出力対応費用

制度によっては、地域医療ネットワークへの参加や標準規格への対応が補助要件となります。

例えば、兵庫県の地域における患者情報共有システム充実事業補助金では、電子カルテと患者情報共有システムを接続するための費用が支援対象となります。

単なる院内システムの導入ではなく、診療情報の共有・連携を進める取り組みとして整理することが重要です。

セキュリティ・バックアップ関連費用

医療機関では、患者情報を適切に管理するためのセキュリティ対策が欠かせません。

例えば、以下のような設備やサービスが考えられます。

• セキュリティ監視サービス

• ウイルス対策

• アクセス管理

• オフラインバックアップ

• バックアップサーバー

• ランサムウェア対策

• 障害時の復旧体制整備

ただし、セキュリティ対策に関する補助金は、特定のサービスや設備のみを対象とする場合があります。

導入支援・研修・コンサルティング費用

電子カルテを導入する際には、システム選定や業務設計、スタッフ教育などが必要になる場合があります。

例えば、以下のような費用が考えられます。

• 導入計画作成費

• 導入コスト算出費

• システム選定支援費

• 操作研修費

• 医療DX関連研修費

• IT・DX関連資格取得費

これらの費用は、東京都の医療機関診療情報デジタル導入支援事業や医療DX人材育成支援事業などで、一定の条件を満たせば補助対象となる場合があります。

電子カルテ導入で補助金を申請する際の注意点

電子カルテの導入に補助金を活用する場合は、対象経費や申請要件だけでなく、契約・発注の時期や導入システムの仕様にも注意が必要です。

交付決定前の契約・発注に注意する

多くの補助金では、交付決定前に契約・発注した経費は補助対象外となります。

ただし、制度によって例外が設けられている場合もあります。

例えば、新潟県の医療施設等業務効率化支援事業では、導入済み機器の設置写真や支払証拠書類を添付する交付申請兼実績報告の方式が案内されています。

一方、米沢市の診療所開設支援補助金では、事業着手前の申請が必要です。

このように、同じ電子カルテ導入でも制度によって事業着手の扱いが異なります。

契約・発注前に各制度の公募要領を確認することが重要です。

登録ITツールやシステム要件を確認する

デジタル化・AI導入補助金では、導入予定の電子カルテや関連システムが登録ITツールに該当する必要があります。

一方、東京都の診療所診療情報デジタル推進事業では、SS-MIX2やHL7 FHIRによる情報出力などの要件が設けられています。

同じ電子カルテであっても、制度ごとに求められる条件が異なるため、事前の確認が必要です。

病院・クリニックなど対象者要件を確認する

医療機関向けの補助金には、病院のみを対象とする制度と、医科診療所も対象となる制度があります。

また、医療法人の従業員数や保険医療機関としての要件、ベースアップ評価料の届出状況などが申請条件となる場合もあります。

地方自治体の補助金では、所在地や対象診療科、開設主体などが条件となる場合もあります。

導入する設備だけでなく、自院が対象者に該当するか確認しましょう。

電子カルテ本体が補助対象になるか確認する

電子カルテに関連する制度であっても、電子カルテ本体の購入費用が補助対象になるとは限りません。

例えば、兵庫県の地域における患者情報共有システム充実事業補助金では、電子カルテとの接続費用は対象となりますが、電子カルテ本体の購入費用は対象外です。

一方、新潟県の医療施設等業務効率化支援事業では、電子カルテ本体（ソフトウェア）が対象経費として明記されています。

導入するシステムや関連費用を整理し、制度ごとの補助対象経費を確認することが重要です。

ランニングコストや補助金の併用条件を確認する

クラウド型電子カルテでは、導入後も月額利用料や保守費用などが発生します。

補助金によっては、クラウド利用料の対象期間が限られ、導入後の保守費用は補助対象外となる場合があります。

また、同一経費について複数の補助金を重複して受給することは原則として認められません。

システム本体と関連サービスを複数の制度で申請する場合も、併用条件や対象経費の区分を確認する必要があります。

電子カルテの導入・補助金活用イメージ

電子カルテは、クリニックの新規導入から病院の既存システム更新まで、さまざまな場面で導入が検討されています。

ここでは、主な導入イメージを紹介します。

※以下は導入を想定した例であり、補助金の採択実績を示すものではありません。

紙カルテから電子カルテへ移行するケース

紙カルテで診療情報を管理しているクリニックが、新たに電子カルテを導入するケースです。

診療記録の検索や共有を効率化し、医療事務スタッフや医師の業務負担軽減を図ることができます。

登録ITツールに該当する電子カルテであれば、デジタル化・AI導入補助金の活用が考えられます。

また、東京都や新潟県など、電子カルテ本体の導入を支援する自治体の制度も検討対象となります。

病院がクラウドネイティブ型電子カルテへ更新するケース

病院が既存のオンプレミス型電子カルテからクラウドネイティブ型電子カルテへ更新するケースです。

システム運用の見直しや情報管理の効率化、将来的な医療情報連携を目的とした取り組みが考えられます。

地域診療情報連携推進費補助金などの活用を検討できます。

電子カルテと予約・問診・レセコンを連携するケース

電子カルテとWeb予約、AI問診、レセコンなどを連携させ、受付から診療、会計までの業務を効率化するケースです。

患者が事前に入力した情報を診療時に活用したり、診療情報と会計情報を連携させたりすることで、転記作業の削減や請求業務の効率化が期待できます。

デジタル化・AI導入補助金などの活用が考えられますが、導入するシステムが登録ITツール等の要件を満たす必要があります。

電子カルテを地域の医療情報共有システムと接続するケース

病院が既存の電子カルテから地域の患者情報共有システムへ診療情報を提供するため、接続システムを整備するケースです。

医療機関同士で必要な診療情報を共有することで、患者の紹介や転院、地域医療連携を円滑に進めることが期待できます。

兵庫県では、こうした接続費用などを支援する制度が実施されています。

ただし、電子カルテ本体の購入費用は対象外となるため、補助対象経費を確認する必要があります。

診療所の新規開設にあわせて電子カルテを導入するケース

新たに診療所を開設する際に、電子カルテや医療機器、受付・会計設備などをまとめて整備するケースです。

山形県米沢市では、対象となる診療科で診療所を新規開設・承継する事業者を支援する制度があります。

ただし、診療科や診療継続期間などの要件があるため、電子カルテの導入だけを目的とした申請ではなく、診療所開設・承継に伴う投資として検討する必要があります。

自院に合った補助金の選び方

電子カルテに関する補助金は、導入目的や医療機関の種別によって検討すべき制度が異なります。

そのため、導入予定のシステムや投資内容を整理したうえで、申請要件に合う制度を選ぶことが重要です。

電子カルテ本体の導入か関連システムの整備かを整理する

まずは、どのような設備やシステムを導入するのかを明確にしましょう。

※各制度の申請要件を満たす場合に限ります。受付終了済みの制度も含みます。

特に、電子カルテ本体の導入費用を補助対象とする制度と、関連システムやセキュリティ対策のみを支援する制度を区別することが重要です。

所在地・医療機関の種別・導入時期を確認する

補助金を選ぶ際には、次のような点も確認しましょう。

• 医療機関の所在地

• 病院・診療所・薬局などの施設区分

• 医療法人・個人開業医などの組織形態

• 従業員数・病床数

• 導入予定の電子カルテや関連システム

• 導入金額

• 契約・発注予定日

• 公募期間・事業実施期間

例えば、東京都の診療所診療情報デジタル推進事業は、東京都内の医科診療所が対象です。

一方、米沢市の診療所開設支援補助金は、指定された診療科で診療所を新規開設・承継する場合に活用を検討できる制度です。

同じ電子カルテの導入であっても、医療機関の所在地や規模、導入内容によって活用できる制度が異なります。

まとめ

電子カルテは、病院やクリニックにおける診療情報の管理、受付・会計業務の効率化、医療スタッフの業務負担軽減などに役立つシステムです。

導入にあたっては、ソフトウェア費用やクラウド利用料、既存システムとの連携費、セキュリティ対策費など、さまざまな費用が発生します。

これらの投資に活用できる可能性がある制度として、デジタル化・AI導入補助金、地域診療情報連携推進費補助金、東京都の診療所・病院診療情報デジタル推進事業、新潟県の医療施設等業務効率化支援事業などがあります。

また、電子カルテ本体の導入費用だけでなく、電子処方箋への対応、関連システムとの連携、サイバーセキュリティ対策、スタッフ研修などを支援する制度もあります。

兵庫県では患者情報共有システムとの接続費用、米沢市では診療所の新規開設・承継に伴う設備投資など、地域ごとに異なる支援が実施されています。

ただし、電子カルテに関係する補助金であっても、本体の購入・更新費用が対象となるとは限りません。

医療機関の所在地や規模、導入するシステムの内容、申請時期などによって活用できる制度が異なるため、事前に申請要件を確認することが重要です。

「電子カルテを新しく導入したい」

「紙カルテから電子カルテへ移行したい」

「既存の電子カルテを更新したい」

「レセコンや予約・問診システムと連携したい」

「医療DXに活用できる補助金を知りたい」

このような医療機関の方は、補助金の活用を検討してみてはいかがでしょうか。

補助金コネクトでは、電子カルテや医療DX関連システムの導入に活用できる補助金のご相談も承っております。

自院の取り組みが補助対象になるか確認したい方は、お気軽にご相談ください。