【2025年最新】システム開発に使える補助金は？申請時の注意点や採択事例を解説

業務効率化や顧客満足度向上のため、システム開発を検討している企業様も多いのではないでしょうか。

しかし、システム開発には多額の費用がかかるため、導入をためらってしまうケースも少なくありません。そこで活用したいのが、システム開発を支援する各種補助金制度です。具体的には以下のような補助金がそれに該当します。

▼補助金事例一覧

補助金を活用することで、開発費用を抑え、よりスムーズにシステム導入を進めることができます。

本記事では、システム開発に活用できる主要な補助金制度をわかりやすく解説します。それぞれの補助金の特徴や申請方法、採択事例、注意点などを詳しくご紹介します。

システム開発に使える補助金

システム開発に使える主な補助金は以下の通りです。

IT導入補助金はITツールの導入が前提になっており、システムをゼロから開発するようなケースには適用が難しい補助金になります。したがって、システム開発を前提としている場合はものづくり補助金や事業再構築補助金を中心に検討していくことになります。

上記の他にも、各自治体においてもシステム開発に適した補助金が出ていますので、法人が登記されている地区町村に問い合わせてみても良いかもしれません。ホームページ作成支援等、補助額が小さなものが多いですが、自治体によって力を入れている事業が異なりますので、条件にマッチすれば大きな補助が得られるものもあります。

それでは、システム開発で使える主な補助金について順に解説します。

IT導入補助金

引用元：IT導入補助金2024

IT導入補助金は、中小企業がITツールを導入することで業務効率化を図るための補助金です。活用においては、IT導入補助金で認められたITツールを導入を、特定の支援事業者の支援のもと導入することが必要になります。

導入したいITツールが決まっていない方は、IT導入補助金の公式サイトからツールおよび支援者を検索できますので、一度覗いてみてください。

IT導入補助金公式サイト

申請枠と補助額、補助率

IT導入補助金の補助額は以下の通りです。申請枠によって異なりますので、ご自身がどの申請枠の資格を持っているか、公募要領等で確認してみてください。

最大補助額や補助率は毎度変更されることがありますので、最新情報は公式ウェブサイトで確認してください。

参考：IT導入補助金とは？補助額や申請方法、スケジュール、注意点などを解説

ものづくり補助金

引用元：ものづくり補助事業公式ホームページ ものづくり補助金総合サイト

ものづくり補助金は、製造業を中心とした事業者が新たな設備投資や生産性向上を目指すための補助金です。中小企業・小規模事業者等が対象となり、個人事業主も利用できます。

申請枠と補助額、補助率

ものづくり補助金の補助額は以下の通りです。従業員数が5名以下の場合の最大補助額は750万円となります。小規模事業者でも取り組みやすい補助金の中では最大規模の補助金になります。

参考：ものづくり補助金とは？対象者や申請要件、補助額、申請方法をわかりやすく解説

中小企業新事業進出補助金

引用元：中小企業新事業進出補助金

中小企業新事業進出補助金は、中小企業や小規模事業者が新たな分野への進出や事業の多角化を図る際に、その初期費用の一部を支援する補助制度です。新商品・サービスの開発、新たな市場への参入、新拠点の設置など、事業の拡大・変革に向けた取り組みが対象となります。

※本補助金については、執筆時点では公募要領が未公表のため、今後の情報公開にあわせて随時更新いたします。

申請枠と補助額、補助率

事業再構築補助金の補助額は以下の通りです。

参考：新事業進出補助金とは？対象者や補助額、対象経費、申請スケジュールを解説

中小企業成長加速化補助金

引用元：中小企業成長加速化補助金

成長意欲の高い中堅規模の中小企業に向けた補助金で、売上100億円を目指す成長計画を策定・公表することが前提となります。建物や設備の導入とともに、システム開発に係るソフトウェア費や外注費も対象となるため、自社システムの構築や開発なども補助対象になります。

ただし、対象となるには投資総額が1億円以上であることや、直近3期の中で売上高が10億円以上であることなど、非常に高いハードルが設けられています。最大5億円という高額補助が魅力的な補助制度です。

補助額と補助率

中小企業成長加速化補助金の補助額は以下の通りです。

補助上限額が5億円と、大規模な設備投資やシステム開発に活用できるのがポイントです。採択難易度は高いですが、1億円以上の投資を予定している企業はチャレンジしてみる価値はあるでしょう。

参考：【2025年度新設】中小企業成長加速化補助金とは

小規模事業者持続化補助金

引用元：小規模事業者持続化補助金（一般型）

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者の事業継続や拡大を支援するための補助金です。他の補助金に比べると補助上限額が低いですが、小規模事業者でも取り組みやすいことが特徴です。

申請枠と補助額、補助率

参考：小規模事業者持続化補助金とは？対象者や補助額、申請方法、スケジュールを解説

補助金が使えるシステム開発の種類

システム開発の補助金は、幅広い分野に対応しています。

主な種類は以下の通りです。

アプリ開発

アプリ開発は、近年特に注目されている分野です。スマートフォンやタブレットの普及に伴い、企業が顧客との接点を強化するための重要なツールとなっています。

補助金を利用することで、以下のようなアプリ開発の費用を軽減できます。

• iOS/Androidアプリの開発費用

• アプリのデザイン費用

• アプリのテスト費用

• アプリストアへの掲載費用

例えば、飲食店が顧客向けに注文や予約ができるアプリを開発する場合や、小売店が商品情報を配信するアプリを開発する場合などに補助金を活用できます。

サイト制作

サイト制作は、企業の顔となるウェブサイトを構築する上で欠かせないものです。

補助金を活用することで、以下のような費用を補助対象にできます。

• ウェブサイトのデザイン費用

• コーディング費用

• CMS導入費用

• ドメイン取得費用

• サーバーレンタル費用

例えば、企業が自社のブランドイメージを向上させるためのウェブサイトを制作する場合や、ECサイトを構築する場合などに補助金が活用できます。

業務効率化システム

業務効率化システムは、企業の業務プロセスを改善し、生産性を向上させるためのシステムです。補助金は、以下のようなシステム開発に利用できます。

• 受発注管理システム

• 顧客管理システム

• 在庫管理システム

• 会計システム

• 人事管理システム

業務効率化システムの導入により、人為的なミスを削減し、業務のスピードアップを図ることができます。

ECサイト開発

ECサイト開発は、インターネット上で商品を販売するためのシステムです。実店舗を持たずにオンラインでビジネスを展開することができます。

補助金は、以下のようなECサイト開発に利用できます。

• ショッピングカートシステムの開発

• 決済システムの導入

• 商品データベースの構築

ECサイトを構築することで、新たな販路を開拓し、売上拡大を図ることができます。

マッチングシステム

マッチングシステムは、需要と供給を結びつけるためのシステムです。近年では、様々な分野でマッチングシステムが活用されています。

補助金は、以下のようなマッチングシステム開発に利用できます。

• 求人情報サイト

• 不動産情報サイト

• 結婚相談所サイト

マッチングシステムを構築することで、効率的なマッチングを実現し、ビジネスの拡大を図ることができます。

カスタマーサポートシステム

カスタマーサポートシステムは、顧客からの問い合わせに対応するためのシステムです。

顧客満足度向上に役立ちます。

補助金は、以下のようなカスタマーサポートシステム開発に利用できます。

• 問い合わせ管理システム

• チャットボットシステム

• FAQシステム

カスタマーサポートシステムを導入することで、顧客対応の効率化を図り、顧客満足度を高めることができます。

システム開発で補助金申請する際の手順

システム開発の補助金を申請する際には、以下の手順を踏むことが一般的です。

システム開発の見積もりを取る

システム開発を依頼する際には、複数の会社から見積もりを取り、比較検討することが重要です。相見積もりを取ることで、費用やサービス内容を比較し、自社にとって最適な開発会社を選ぶことができます。

見積もりを依頼する際には、以下のポイントを明確に伝えましょう。

• 必要な機能

• 開発規模

• 開発期間

• 予算

上記以外にも、必要な情報があるかもしれません。開発会社にも問い合わせてみましょう。

補助金申請のスケジュールを確認する

見積もりを取得したら、その事業の性質や自社の状況に合わせて、申請する補助金を決定します。ここは各制度の公募要領を読み込むなど、手間がかかる作業になりますので、専門家に依頼するものオススメです。

補助金制度には申請期間が決まっていますので、システム開発のスケジュールと合わせて検討するようにしましょう。

必要書類を準備する

補助金申請には、様々な書類が必要となります。具体的な書類は、各補助金制度や自治体によって異なりますので、公式ウェブサイトや窓口で確認しましょう。

特に作成に最も時間のかかる事業計画書では、構築するシステムについて、その主要な機能や活用方法、その結果としての経営指標の改善見込みなど、詳細の説明が求められます。

システム開発で補助金を申請する際の注意点

システム開発の補助金を申請する際には、通常の補助金申請とは異なり、以下の注意点を押さえておくことが大切です。

システム開発の目的を整理する

補助金申請が目的になってはいけません。システム開発を行う経営上、業務上の目的を整理し、その目的に沿った計画を立てることが重要です。

補助金に採択されると、システム開発は定められた補助事業期間に行う必要があるなど、多少は事業への成約が発生します。補助金申請のために経営上重要な意思決定ができなくなってしまったということにならないよう、取り組む目的を明確にしておきましょう。

システム開発にかかる費用とタイミングを整理する

システム開発にかかる費用の内訳や支払いタイミングは細かく把握しておきましょう。補助金の申請時点では概算金額で問題のないケースもありますが、後になってシステム開発が変更になった場合はそれに合わせて補助金申請も変更する必要性が出てきますので注意しましょう。

また、システム開発として見積もりを取っても、内訳として補助対象に含められない経費がある可能性があります。見積もりの裏付けになっている費用が補助対象になっているのか、しっかり確認しておきましょう。

概算見積もりの精度が甘い

システムが複雑になると、システム開発会社から正確な見積もりが出ない可能性があります。というのも、システムは構築する機能を詳細に検討しないと、工数が割り出せず、かかる費用を算出することができません。この詳細の機能や工数を明らかにする作業を、要件定義工程と呼びます。

通常は、要件定義工程で開発するシステムの詳細と金額を明らかにした上で本格開発に着手しますが、補助金申請を行う場合、要件定義工程にかかる費用も含めて補助金申請したいというニーズが出るのが一般的です。

このような場合、要件定義は補助金の経費に含めずに実施するのか、要件定義も含めた上での概算金額で申請を行うのか、判断が分かれることになります。ここを整理しておかないと、最悪の場合、補助金申請した金額よりも大きな費用がかかってしまい、大金を持ち出しすることになってしまったということになりかねません。

システム会社が提出した見積もりにどの程度の精度が担保されているのか、事前に精査するようにしましょう。

補助金申請とシステム開発のスケジュールの整合性を合わせる

補助金申請のスケジュールとシステム開発の進捗を適切に調整し、システム開発が予定通り完了するよう管理しましょう。システム開発は予定通り進まなくなったり、途中で要件が変更になり工期が伸びるといったことが頻繁に起こります。

スケジュールが遅れてしまったせいで補助事業期間に開発が完了せず、交付申請時に提出すべき領収書が取得できなかったといったことがないよう、システム会社に任せっきりにせず、スケジュールは管理するようにしましょう。

システム開発での補助金が採択された事例4選

システム開発での補助金が採択された事例について紹介していきます。ここでは、ものづくり補助金で実現したシステム開発の事例について紹介していきます。

株式会社イリモトメディカル

ものづくり補助金により、株式会社イリモトメディカル様は「がん検診診断管理システム」の開発を実現しました。

「がん検診診断管理システム」は、がん検診診断業務の各工程をペーパーレス化・自動化し、業務全体を標準化・効率化することを目的に開発されました。

このITシステムにより、診断の速度・精度の向上、業務全体の一元管理による効率化を実現しました。

引用元：がん検診診断の診断医不足解消と精度向上を図る 効率的ＩＴシステム開発

株式会社bitFlyer

株式会社bitFlyer様は、仮想通貨（暗号資産）ビットコインの取引を誰もが安心して行えるように、ビットコイン送金・決済システムを拡充しました。

また、ビットコインで国内外に即時に格安の送金を行うことができるモバイル用アプリを開発しました。

引用元：ビットコインの流通性向上に係るシステム開発

株式会社 サイバーリンクス

補助金を活用して完成したシステムは、取引事務に関する諸手続きの合理化を可能にする「取引事務支援サービス」と、営業力強化をサポートする「販促支援サービス」を連動させています。

このシステムにより、製造業の商談の発生機会を増加させるという新たなビジネスモデルを構築しました。

引用元：製造業向け商取引支援サービス連動型販売促進システムの試作開発

株式会社Coolware

中小企業にとって「マッチングサイト」はビジネスに有効なツールですが、高価格かつ運用には高度なIT知識も必要となるため、利用には大きな壁がありました。

補助金を活用し、自社の持つマッチングサイト作成・運用のノウハウを活かした、低価格で簡単にマッチングサイトを作成できるシステムを構築しました。

本事業は、中小企業のマッチングサイト導入・運用のハードルを下げ、低価格で簡単にマッチングサイトを作成できるシステム構築事業です。

引用元：ネットの新利用法を提案!「マッチングサイト自動作成サービス」

まとめ

システム開発には様々な補助金が用意されており、適切な補助金を活用することで、コストを抑えながら効果的なシステム開発を進めることができます。

本記事で紹介した主要な補助金制度や、申請時の手順・注意点を参考にして、自社に最適な補助金を見つけて活用してみてください。

また、各自治体によって独自の補助金があることも忘れずにチェックしましょう。

補助金コネクトはシステム開発案件も多数対応しています。システム開発や補助金申請についてご相談を希望の方は、以下よりお問い合わせください。