冷蔵・冷凍設備に使える補助金とは？冷凍冷蔵庫・ショーケース・冷凍倉庫の設備投資支援を解説

食品製造業、食品小売業、飲食業、物流業、冷凍冷蔵倉庫業などでは、冷蔵・冷凍設備は事業運営に欠かせない設備です。

たとえば、業務用冷蔵庫、業務用冷凍庫、冷凍冷蔵ショーケース、プレハブ冷蔵庫、プレハブ冷凍庫、急速冷凍機、製氷機、チリングユニット、冷凍冷蔵倉庫などは、食品の品質管理や在庫管理、流通体制の維持に必要な設備です。

一方で、冷蔵・冷凍設備は導入費用が高額になりやすく、電気代の負担も大きくなりやすい設備です。特に、古い設備を使い続けている場合、消費電力が大きく、故障リスクや温度管理の不安が課題になることもあります。

近年は、電気料金の高騰、省エネ設備への更新、食品ロス削減、冷凍食品需要の拡大、コールドチェーンの強化などを背景に、冷蔵・冷凍設備への投資を検討する事業者が増えています。

こうした設備投資で活用を検討したいのが、国や自治体が実施する補助金・助成金です。

補助金を活用できれば、設備導入時の初期費用を抑えながら、省エネ型の冷蔵・冷凍設備への更新や、急速冷凍機を活用した新商品開発、冷凍冷蔵倉庫の整備などに取り組める可能性があります。

本記事では、冷蔵・冷凍設備の導入や更新に活用できる補助金、対象になりやすい経費、申請時の注意点について解説します。

冷蔵・冷凍設備で補助金が注目される背景

冷蔵・冷凍設備への補助金活用が注目される背景には、いくつかの理由があります。

まず、電気料金の高騰です。

冷蔵・冷凍設備は24時間稼働することも多く、店舗や工場、倉庫の電力使用量の中でも大きな割合を占める場合があります。

古い設備を使い続けている場合、最新の高効率機器に比べて電力消費が大きく、ランニングコストが膨らみやすくなります。

次に、食品の品質管理や食品ロス削減への対応です。

冷蔵・冷凍設備の性能は、商品の品質保持に直結します。温度管理が不安定だと、食品の劣化や廃棄ロスにつながる可能性があります。

高性能な冷蔵・冷凍設備や温度管理システムを導入することで、品質管理の精度向上や食品ロス削減が期待できます。

また、冷凍食品や冷凍商品の需要拡大も大きな背景です。

近年は、飲食店や食品製造業が急速冷凍機を導入し、惣菜、菓子、パン、肉、魚、農産物などを冷凍商品として販売するケースが増えています。

冷凍技術を活用することで、賞味期限の延長、EC販売、遠方への出荷、ギフト需要への対応など、新たな売上機会をつくることも可能です。

さらに、食品流通や物流の現場では、コールドチェーンの強化も重要です。

冷凍食品、冷蔵食品、畜産物、水産物、青果物、加工食品などでは、生産から販売まで温度管理を徹底することで、品質保持や販路拡大につながります。

こうした背景から、冷蔵・冷凍設備への投資は、省エネ対策だけでなく、事業拡大、新商品開発、物流効率化にもつながる投資として注目されています。

冷蔵・冷凍設備に活用できる主な補助金

冷蔵・冷凍設備に活用できる補助金には、省エネ・脱炭素を目的とした制度、食品流通の効率化を目的とした制度、中小企業の設備投資を支援する制度などがあります。

ここでは、冷蔵・冷凍設備の導入や更新で活用を検討できる主な補助金を紹介します。

コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業

「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」は、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗などにおいて、自然冷媒を用いる冷凍冷蔵機器の導入を支援する補助金です。

冷凍冷蔵設備の中でも、特に脱炭素型の設備更新や、コールドチェーンを支える設備導入と相性が良い制度です。

たとえば、既存の冷凍冷蔵設備を、CO₂やアンモニアなどの自然冷媒を使用する高効率設備へ切り替える場合に活用を検討できます。

対象となるのは、単なる業務用冷蔵庫の買い替えではなく、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗などのコールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器です。

申請を検討する場合は、導入予定機器が自然冷媒機器に該当するか、対象施設に該当するか、省エネ効果や脱炭素効果をどのように示すかを確認しましょう。

公式：コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業

省エネ・非化石転換補助金

省エネ・非化石転換補助金は、事業者が省エネ性能の高い設備へ更新する際に活用を検討できる補助金です。

設備単位型では、指定設備の一つとして「冷凍冷蔵設備」が位置づけられています。

この制度では、老朽化した冷凍冷蔵設備を省エネ性能の高い設備へ更新する場合に活用を検討できます。

特に、古い冷蔵庫や冷凍庫、ショーケース、冷凍機を使用していて、電気代が高い、故障が多い、温度管理に不安があるといった事業者にとって、検討しやすい制度です。

ただし、単なる増設や新規導入ではなく、省エネ性能の高い設備への更新であること、省エネ効果を計算できること、対象設備として登録・指定されていることなどが重要になります。

また、公募回によっては受付が終了している場合があります。申請を検討する際は、必ず最新の公募状況を確認しましょう。

公式：省エネ・非化石転換補助金

中小企業省力化投資補助金

中小企業省力化投資補助金は、人手不足の解消や省力化・生産性向上につながる設備投資を支援する補助金です。

冷蔵・冷凍設備そのものが常に対象になるわけではありませんが、食品製造、食品小売、物流、倉庫業などで、作業の省力化や生産性向上につながる設備・システムを導入する場合に検討できます。

冷蔵・冷凍設備と組み合わせて、保管、仕分け、ピッキング、検品、出荷、温度管理などを効率化する場合は、活用を検討できる可能性があります。

たとえば、冷凍倉庫内の作業効率化、食品工場の冷凍工程の自動化、冷蔵商品の入出庫管理のデジタル化などです。

一方で、単に古い冷蔵庫を新しい冷蔵庫に買い替えるだけでは、省力化投資として説明しにくい場合があります。

参考：中小企業省力化投資補助金（一般型）とは？カタログ注文型との違いや活用例・申請手順も解説

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、中小企業等が革新的な製品・サービス開発や生産プロセスの改善に取り組む際の設備投資を支援する補助金です。

冷蔵・冷凍設備では、急速冷凍機や特殊な冷凍技術を活用して、新商品開発や生産性向上に取り組む場合に活用を検討できる可能性があります。

たとえば、地域食材を使った冷凍惣菜の開発、急速冷凍技術を活用した高品質な冷凍食品の製造、食品ロス削減につながる新たな加工・保存技術の導入などです。

ただし、単なる冷蔵庫・冷凍庫の買い替えや、既存商品の保管設備の更新だけでは、ものづくり補助金の趣旨に合いにくい場合があります。

「新たな商品・サービス」「生産プロセスの改善」「付加価値向上」につながる投資として整理することが重要です。

参考：ものづくり補助金とは？対象者や申請要件、補助額、申請方法をわかりやすく解説

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者が販路開拓や業務効率化に取り組む際に活用できる補助金です。

冷蔵・冷凍設備では、店舗販売やEC販売、テイクアウト、冷凍商品の販路拡大などと組み合わせる場合に検討できます。

たとえば、飲食店が冷凍惣菜の販売を始める、小売店が冷凍商品の販売スペースを整備する、菓子店が冷凍スイーツのEC販売を始めるといった取組が考えられます。

ただし、冷蔵庫・冷凍庫の購入だけでは販路開拓の説明が弱くなる場合があります。チラシ、ECサイト、パッケージ、広告、販売導線などと合わせて、売上拡大につながる計画として整理することが重要です。

参考：小規模事業者持続化補助金とは？対象者や補助額、申請方法、スケジュールを解説

大規模成長投資補助金

大規模成長投資補助金は、中堅・中小企業が行う大規模な成長投資を支援する制度です。

冷凍冷蔵倉庫の新設、食品工場の増設、大型冷凍設備の導入、物流拠点の整備など、投資規模が大きい場合に検討対象となる可能性があります。

この制度は、設備単体の購入というより、企業の成長に向けた大規模投資を支援する制度です。

たとえば、新たな冷凍食品事業への参入、冷凍冷蔵物流拠点の整備、食品輸出に対応した大型設備投資などが考えられます。

一方で、最低投資金額などの要件が高いため、小規模な冷蔵庫・冷凍庫の導入には向きません。

参考：大規模成長投資補助金とは？対象者と対象経費、採択率、申請スケジュールを解説

自治体独自の補助金

冷蔵・冷凍設備では、自治体独自の省エネ補助金、脱炭素補助金、設備更新補助金を活用できる場合があります。

自治体制度は地域や年度によって内容が大きく異なります。前年に実施されていた制度が翌年も継続するとは限らず、予算上限に達すると受付が終了する場合もあります。

ここでは、2026年6月時点で公募中の制度例を紹介します。

東京都 ゼロエミッション化に向けた省エネ設備導入・運用改善支援事業

東京都の「ゼロエミッション化に向けた省エネ設備導入・運用改善支援事業」は、中小企業等の省エネルギー化を支援する制度です。

高効率空調設備、LED照明設備、高効率ボイラー、高効率変圧器、高効率コンプレッサなどに加え、高効率冷凍冷蔵設備も助成対象設備の例として示されています。

冷蔵・冷凍設備では、古い冷凍冷蔵設備を高効率な設備へ更新し、電力使用量やCO₂排出量の削減を図る場合に活用を検討できます。

特に、食品小売店、食品製造業、飲食店、冷凍冷蔵倉庫業など、冷蔵・冷凍設備の稼働時間が長く、電力使用量が大きい事業者と相性がよい制度です。

ただし、単なる設備更新ではなく、省エネ診断等に基づき、事業所全体の省エネ化や運用改善につながる取組として整理することが重要です。

また、申請受付は複数回に分かれており、各回で予算を超過した場合は抽選となる可能性があります。設備導入を検討する場合は、申請期間、診断の要否、交付決定前の契約可否を必ず確認しましょう。

公式：東京都 ゼロエミッション化に向けた省エネ設備導入・運用改善支援事業

神奈川県 中小企業省エネルギー設備導入費等補助金

神奈川県の「中小企業省エネルギー設備導入費等補助金」は、省エネ設備の更新や保守等に係る経費の一部を補助する制度です。

冷蔵・冷凍設備では、法定耐用年数を経過した冷凍冷蔵設備を、省エネ性能の高い設備へ更新する場合に活用を検討できます。

ただし、撤去費・処分費、建屋の新築・増改築、中古設備、リース・割賦販売契約による設備などは対象外とされています。

また、受付期間内であっても予算がなくなり次第終了となるため、導入を検討する場合は早めの確認が必要です。

公式：神奈川県 中小企業省エネルギー設備導入費等補助金

埼玉県 企業等における省エネ・再エネ活用設備導入補助金

埼玉県の「企業等における省エネ・再エネ活用設備導入補助金」は、県内事業所の脱炭素化、エネルギーの効率利用、地域のエネルギーレジリエンス強化を目的とした制度です。

この制度は、冷凍冷蔵設備単体の更新というより、再エネ設備やエネルギーマネジメントシステム、コージェネレーションシステムなどと組み合わせて、事業所全体の省エネ・再エネ活用を進める場合に検討できます。

冷蔵・冷凍設備の電力使用量が大きい食品工場や冷凍冷蔵倉庫では、太陽光発電や蓄電池、エネルギーマネジメントシステムと組み合わせて、電力コスト削減や脱炭素化を図る取組として整理できる可能性があります。

公式：埼玉県 企業等における省エネ・再エネ活用設備導入補助金

冷蔵・冷凍設備で補助対象になりやすい経費

冷蔵・冷凍設備に関する補助金では、制度によって対象経費が異なります。

ここでは、対象になりやすい経費の例を紹介します。

冷凍冷蔵設備・機器

代表的な対象経費は、冷凍冷蔵設備そのものです。

たとえば、以下のような設備が考えられます。

• 業務用冷蔵庫

• 業務用冷凍庫

• 冷凍冷蔵ショーケース

• プレハブ冷蔵庫

• プレハブ冷凍庫

• 急速冷凍機

• ブラストチラー

• 製氷機

• チリングユニット

• 冷凍機

• 冷蔵機

• 自然冷媒冷凍冷蔵機器

• 冷凍冷蔵倉庫向け設備

ただし、制度によっては、業務用冷蔵庫や冷凍庫が対象外となる場合があります。対象設備の一覧や対象機器の登録状況を確認しましょう。

付帯設備・工事費

冷凍冷蔵設備の導入には、機器本体だけでなく、設置工事や付帯設備が必要になる場合があります。

たとえば、以下のような経費です。

• 据付工事費

• 配管工事費

• 電気工事費

• 断熱工事費

• 冷媒配管

• 制御盤

• 温度センサー

• データロガー

• 搬入・据付費

• 既存設備の撤去費

ただし、撤去費や処分費、建屋工事、内装工事などは制度によって対象外となる場合があります。補助対象経費の範囲を事前に確認しましょう。

温度管理・在庫管理システム

冷蔵・冷凍設備とあわせて、温度管理や在庫管理のシステムを導入する場合もあります。

たとえば、以下のようなシステムです。

• 温度管理システム

• 遠隔監視システム

• HACCP対応記録システム

• 在庫管理システム

• 倉庫管理システム

• 受発注管理システム

• 賞味期限管理システム

• トレーサビリティ管理システム

こうしたシステムは、食品衛生、品質管理、食品ロス削減、業務効率化につながります。

デジタル化・AI導入補助金や食品物流関連の補助金、自治体のDX補助金などで検討できる場合があります。

省エネ・脱炭素関連設備

冷蔵・冷凍設備と組み合わせて、省エネや脱炭素につながる設備を導入する場合もあります。

たとえば、以下のような設備です。

• EMS

• 高効率空調

• LED照明

• 断熱材

• 高効率ボイラ

• 産業ヒートポンプ

• 太陽光発電設備

• 蓄電池

• デマンド監視装置

冷蔵・冷凍設備は電力使用量が大きいため、事業所全体の省エネ計画の中で、空調や照明、エネルギーマネジメントと組み合わせて検討することも有効です。

冷蔵・冷凍設備で補助金を活用するメリット

初期投資の負担を抑えられる

冷蔵・冷凍設備は、機器本体だけでなく、設置工事や電気工事、配管工事なども含めると高額になりやすい設備です。

補助金を活用できれば、自己負担を抑えながら、省エネ型設備や自然冷媒設備への更新を進められる可能性があります。

電気代の削減につながる

古い冷凍冷蔵設備を高効率設備へ更新することで、電力使用量の削減が期待できます。

冷蔵・冷凍設備は長時間稼働することが多いため、省エネ効果がランニングコストに与える影響は大きくなります。

脱炭素対応につながる

自然冷媒機器やノンフロン機器を導入することで、環境対応型の設備投資として説明しやすくなります。

脱炭素や環境対応を重視する取引先に対しても、自社の取り組みをアピールしやすくなります。

食品の品質保持・食品ロス削減につながる

冷蔵・冷凍設備の性能向上により、温度管理の精度が高まり、食品の品質保持につながります。

急速冷凍機や温度管理システムを活用すれば、食品ロス削減や賞味期限延長、在庫管理の効率化にも役立ちます。

新商品開発・販路拡大につながる

急速冷凍機や冷凍設備を導入することで、冷凍惣菜、冷凍スイーツ、冷凍弁当、冷凍パン、冷凍水産加工品など、新たな商品展開が可能になります。

冷凍商品はEC販売や遠方への配送とも相性がよく、販路拡大につながる可能性があります。

冷蔵・冷凍設備で補助金を申請する際の注意点

交付決定前に契約・発注・購入しない

多くの補助金では、交付決定前に契約、発注、購入、支払いを行った経費は対象外となります。

冷蔵・冷凍設備は納期や工事日程の調整が必要になるため、導入を急いで先に契約してしまうケースがあります。

補助金を活用する場合は、必ず申請スケジュールと設備導入スケジュールを確認しましょう。

単なる老朽化更新では対象になりにくい場合がある

補助金では、単に「古くなったから買い替える」という理由だけでは弱い場合があります。

省エネ効果、CO₂削減、食品ロス削減、生産性向上、販路拡大など、制度目的に合った導入理由を整理することが重要です。

対象設備・対象機器を確認する

冷凍冷蔵設備といっても、制度によって対象になる設備は異なります。

業務用冷蔵庫は対象外だが、冷凍冷蔵ショーケースは対象になる制度もあります。

自然冷媒機器に限る制度、省エネ性能の基準を満たす機器に限る制度、登録済みのITツールに限る制度などもあります。

導入予定機器の型式、メーカー、性能、冷媒、対象設備一覧への掲載有無を確認しましょう。

省エネ効果・CO₂削減効果の算定が必要になる場合がある

省エネ補助金や脱炭素系補助金では、導入前後のエネルギー使用量やCO₂排出量の削減効果を示す必要があります。

既存設備の消費電力、稼働時間、更新後設備の性能、年間削減量などを整理しておくことが重要です。

建物・内装・倉庫建設費は対象外または制限される場合がある

冷凍冷蔵設備の導入では、建物、倉庫、内装、断熱工事、基礎工事などが関係する場合があります。

制度によっては、機器本体や設置工事は対象でも、建物工事や内装工事は対象外となる場合があります。

冷凍冷蔵倉庫の新設や大規模改修を検討する場合は、対象経費の範囲を細かく確認しましょう。

冷蔵・冷凍設備の補助金活用事例

食品小売店が冷凍冷蔵ショーケースを更新

食品小売店が、古い冷凍冷蔵ショーケースを省エネ型・ノンフロン型の機器へ更新するケースです。

電気代削減、商品品質の安定、環境対応、店舗イメージの向上につながります。

食品工場が急速冷凍機を導入

食品工場や飲食店が、急速冷凍機を導入して冷凍惣菜や冷凍スイーツを開発するケースです。

食品ロス削減、賞味期限延長、EC販売、遠方出荷、新商品開発につながります。

冷凍冷蔵倉庫が自然冷媒設備へ更新

冷凍冷蔵倉庫事業者が、既存設備を自然冷媒設備へ更新するケースです。

脱炭素対応、省エネ、取引先への環境対応の説明に役立ちます。

食品物流事業者が温度管理システムを導入

食品物流事業者が、冷蔵・冷凍商品の温度管理システムや在庫管理システムを導入するケースです。

温度逸脱の防止、品質管理、トレーサビリティ強化、食品ロス削減につながります。

飲食店が冷凍商品の販売体制を整備

飲食店が冷凍庫や急速冷凍機を導入し、人気メニューを冷凍商品として販売するケースです。

店舗外売上の確保、EC販売、ギフト需要への対応、閑散時間の有効活用につながります。

まとめ

冷蔵・冷凍設備は、食品製造業、食品小売業、飲食業、物流業、冷凍冷蔵倉庫業などにとって、品質管理や事業運営に欠かせない設備です。

一方で、導入費用や電気代の負担が大きく、省エネ対応も求められるため、補助金を活用した設備更新を検討する価値があります。

冷蔵・冷凍設備に活用できる制度としては、コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業、省エネ・非化石転換補助金、SHIFT事業、持続可能な食品等流通対策事業、中小企業省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金、ものづくり補助金、小規模事業者持続化補助金、大規模成長投資補助金、自治体独自の省エネ・脱炭素補助金などがあります。

ただし、補助金は制度ごとに対象者、対象設備、補助率、上限額、申請期間、交付決定前の契約可否が異なります。

「冷蔵庫・冷凍庫を更新したい」 「冷凍冷蔵ショーケースを省エネ型にしたい」 「急速冷凍機を導入して冷凍商品を開発したい」 「冷凍冷蔵倉庫を新設・更新したい」 「自然冷媒機器に切り替えたい」 「自社で使える補助金があるか知りたい」

このような事業者さまは、補助金・助成金の活用を検討してみてはいかがでしょうか。

補助金コネクトでは、冷蔵・冷凍設備の導入、省エネ設備更新、食品製造・食品流通・冷凍冷蔵倉庫の設備投資に活用できる補助金のご相談も承っております。

自社の取り組みが補助対象になるか確認したい方は、お気軽にご相談ください。