補助金の消費税の扱いとは？消費税返還が必要な場合と計算方法を解説

補助金は、企業や個人事業主の取り組みを資金面でサポートする制度です。受け取った補助金は、補助事業に伴う補助金収入となりますが、事業経費として処理する際に消費税の扱いに注意する必要があります。場合によっては、消費税分を補助金支給先へ返還しなくてはなりません。

本記事では、補助金における消費税の扱いについて解説します。これから補助金を受け取る予定の事業者の方は、ぜひ知っておいてください。

補助金の消費税の扱い

消費税とは、商品や製品の販売・サービスの提供などの取引に対して課税される税金です。対価を得て行う取引の大半は、消費税の課税対象となっています。

冒頭で解説したように、補助金は企業や個人事業主の取り組みを支援するための資金であり、対価として支払われるものではありません。このため、国税庁のホームページでは、補助金は課税の対象とはならないと明記されています。

一方で、受領した補助金のうち、消費税に相当する金額を後日返還しなくてはならないケースがあります。どのような場合が該当するのでしょうか。

補助金の返還が必要なケース

補助金の返還が必要となる代表的なケースは、認定された補助金額に消費税が含まれている場合です。補助事業者が補助事業を実施するため、補助金を使って機械などを購入する際には、消費税を支払います。確定申告の際に、消費税額分を仕入税額控除することで、実質的に消費税分の負担がなくなります。補助金を交付している側からすると、補助金の助成に加え補助金にかかる消費税分の控除も受けているため、補助を重複して受けることになってしまうのです。

この場合に、補助事業者は国税庁から通知を受け、控除された分の消費税を返還する必要があります。

補助金の返還が必要ないケース

上記のケースとは反対に、補助金を申請する段階で消費税抜きの金額を記載しておくと、消費税に相当する金額を返還する必要がありません。消費税の金額分が補助金から減額されているためです。

ただし、全ての補助事業者が消費税を差し引いて申請できるとは限りません。課税売上割合もしくは課税売上高が条件を満たさないと、支払った消費税の全額が仕入控除できず、一部しか計上できなくなるためです。具体的には、以下のいずれかに該当すると、支払った消費税全額を控除税額に計上することはできません。

• 課税売上割合が95%未満である

• 課税売上高が5億円を超える

課税売上割合とは、課税期間中の売り上げのうち、消費税が課される課税売上高が占める割合を指します。割合が95%未満の場合は、売上高全体に課税売上だけでなく非課税売上も一定数含まれています。このため、経費にかかった消費税を全額仕入控除とすることは適切ではありません。

また、課税売上高が5億円を超えると、非課税売上が1%であっても、売上のために支払った消費税は少なくありません。これにより、消費税全額を仕入控除税額にすることは難しいのです。

事業年度途中では売上高が確定しておらず、課税売上割合も分かりません。消費税の確定申告を行うタイミングで消費税を確定したのち、控除された分の消費税を返還することになります。

消費税返還対象となる事業者の条件

消費税の返還は、全ての事業者に対して請求される制度ではありません。以下の両方に該当する場合のみ、還付対象の事業者となっています。

消費税課税事業者

基準期間の中で、課税売上高が1,000万円以上となった事業者をさします。基準期間とは2期前の事業年度のことで、法人は決算月から決算月までの1年間、個人事業主は1月から12月までが該当します。

ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の場合でも、特定期間の売上高が1,000万円を超え、かつ同じ期間内で支払った給与等の金額が1,000万円を超えた事業者には、原則として納税義務が課せられます。

原則課税方式で確定申告・決算書を作成している

原則課税方式とは、消費税の課税計算方式のひとつです。計算方式には、原則課税方式のほかに簡易課税方式があり、基準期間における売上高が5,000万円以下の事業者は、課税計算時に原則課税方式もしくは簡易課税方式いずれかを選択します。

ここで、各方式の違いを簡単に解説します。原則課税方式は、実際の売上高（課税売上高）を基準として納税額を計算する方式であり、以下の計算式を用います。

上記の計算式で計算するには、帳簿と請求書をきちんと保管しておくことが必要です。

簡易課税方式は、基準期間内の課税売上高が5,000万円以下である小規模事業者のみに認められた制度です。課税仕入高の計算が不要であり、事業区分ごとに定められた一定の割合（みなし仕入率）で納税額が計算できます。計算式は以下の通りです。

区分を分けずに、上記の計算式に当てはめて納税額を算出すると、負担額が大きくなってしまいます。複数の区分にわたって事業を展開している企業は、区分ごとで納税額を算出しましょう。

簡易課税方式を選択する際には、課税期間が始まる前日までに、管轄する税務署長へ「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要です。

消費税の返還がある場合の計算方法

消費税の返還がある場合、返還額の計算式は3つのケースによって異なります。ここからは、各ケースの計算式について解説します。

全額控除の場合

仕入れ税額が全額控除されるのは、課税売上割合が95%以上であり、かつ課税売上高が5億円以下の場合です。この場合の計算方法は、以下の通りです。

一括比例配分方式採用の場合

一括比例配分方式とは、課税期間中における全ての仕入れにかかった消費税額から、課税売上割合分のみを控除する方式です。項目ごとに区分せずまとめて計算することから、事務負担が小さくなる一方、税額が増えてしまうケースがあります。計算式は以下の通りです。

一括比例配分方式もしくは個別対応方式のいずれを選択するかは、会社側で判断できます。ただし、いったん一括比例配分方式を選択すると、2年間は継続適用しなくてはいけません。すぐには戻せないため、会社の業種・取引額・取引内容などから慎重に判断することが大切です。

個別対応方式採用の場合

個別対応方式とは、課税売上にかかる仕入れは全額控除でき、課税売上・非課税売上の両方に共通しているものは課税売上の割合に応じて控除できる方式です。非課税売上は控除対象となりません。一括比例配分方式よりも、少ない税額となる場合が多いですが、分けて計算することで事務負担が大きくなります。以下の2つの計算式で算出された数値を足して、返還額を求めます。

まとめ

今回は、補助金における消費税の扱いについて解説しました。

補助金は非課税取引であることから、消費税の扱いについては気づきにくいかもしれません。しかし、経費の財源として補助金を利用した場合、条件によっては補助金の返還が必要なのです。このことを知らないままでいると、税金滞納事業者になってしまうリスクもあります。

ここで解説してきた内容を参考にしながら、どのケースに該当するのかを今一度確認してみましょう。そのうえで、還付対象事業者に該当するのであれば、きちんと手続きを進めるようにしてください。