【2026年版】青果市場事業者が活用できる補助金
青果市場を取り巻く経営環境は、少子高齢化や物流コストの高騰、さらに消費者ニーズの多様化・健康志向など、さまざまな要因によって年々変化しています。こうした中で、政府や自治体が提供する補助金や支援制度をうまく活用すれば、新たな商機をつかむだけでなく、長期的な経営強化にもつなげることが可能です。
本記事では、青果市場事業者が注目すべき補助金制度を中心に、最新の情報をまとめました。申請のポイントや他社の成功事例を参照しながら、今後の経営戦略にぜひお役立てください。
青果市場の課題と補助金の基礎知識
青果市場事業者は、消費者の食卓に欠かせない生鮮品を流通させる重要な役割を担っています。一方、青果市場をめぐる経営環境は多岐にわたる課題を抱えています。生産者側では人手不足や高齢化が進み、流通コストの高騰によって運送費や保管費の負担は増大。また、小売側からは品質や鮮度、トレーサビリティなど、安全性の確保に対するニーズがさらに高まっており、事業者は柔軟な対応を迫られています。こうした状況下で、青果市場事業者はコスト管理と効率化を図りつつ、高付加価値の商品や売り方を模索しなければなりません。
そうした環境で力強い支援となるのが補助金です。国や自治体、関連団体などが用意する補助金・助成金にはさまざまな種類があり、事業拡張の際の大きなクッションとして役立ちます。ここで押さえておきたいのは、補助金はあくまでも「後払い」が基本であることです。申請が採択されて交付決定を受けた後、事業者は自社資金でまず事業を実行し、後日精算という流れになります。つまり、補助金申請に際しては、資金繰りの確保も重要になります。
青果市場事業者を取り巻く現状
青果市場は、時代の変化を直に受ける流通の要所でもあります。近年は、生産コストの上昇や気候変動による収量不安定、さらに経営者の高齢化など、構造的な問題が広がっています。特に以下が課題となりやすいポイントとされています。
＜青果市場事業者が直面する主な課題＞
上記の表から読み取れるように、人材確保・設備投資・サプライチェーンの見直しなど幅広い対応が求められています。その一環として、国の補助金や地方自治体による助成金は、問題解決へ向けて有効な手段となります。
こうした支援策を活用することで、老朽設備の更新やITツールの導入、さらには商流拡大に向けた販路開拓の費用を抑えられる可能性があります。特に青果市場事業者の場合、デジタル化や新しい物流システムの導入などが大きな経営改革につながるでしょう。しかし申請には要件や提出期限など制約があるため、早めに情報収集を始め、適切に手続きを行うことが重要です。
補助金制度の概要
実際に青果市場事業者が活用できる補助金・助成金には、用途や実施主体などに応じてさまざまな種類があります。大きく以下のように分類できます。
＜補助金制度の大まかな分類＞
このように補助金の種類や対象者は多岐にわたります。青果市場事業者が最も注目すべきは、国が実施する大規模な補助金と、地方自治体が実情に合わせて行う補助金です。国の補助金では予算規模が大きく採択枠もある程度大きいため、青果市場事業者が大規模な設備投資を計画している場合に向いています。一方、自治体の補助金は「地域内物流の効率化支援」「新規就農者及び市場事業者支援」など、特定テーマを定めたものが多いため、自社の経営課題に合致する場合は審査を通りやすいのがメリットです。
また、近年の傾向としては商流維持や輸出拡大に力点を置く政策が強化されつつあります。これは、国内需要の縮小傾向を見据えて、海外への販路開拓を重要視しているからです。特に農林水産省が推進する「重要市場の商流維持・拡大対策（補助事業）」は、青果市場事業者にとって大きなチャンスとなり得ます。詳細は後段の「青果市場事業者向けおすすめ補助金一覧」で解説します。
青果市場事業者向けおすすめ補助金
ここでは、青果市場事業者が注目すべき主要な補助金をまとめます。国主導のものから地方自治体が行うものまで、多岐にわたる制度があります。なかでも2026年のトレンドとしては、輸出拡大やDX推進、そして経営基盤の強化へつながる補助金が注目度を高めています。以下では、テーマ別に主要な補助金を紹介します。
設備の改築・増設
青果市場は「鮮度」「回転率」「安全性」が価値の源泉です。設備投資は単なる更新ではなく、ロス削減・作業時間短縮・品質の均一化まで含めて設計すると、補助金の事業目的と整合しやすくなります。特に冷蔵・搬送・選別ラインは、投資額が大きい一方で効果も見えやすいため、補助金活用の優先順位が高い領域です。
コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業（自然冷媒機器の導入支援）（環境省）
環境省の「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業（自然冷媒機器の導入支援）」は、温室効果の高い代替フロン（HFCs）の排出削減と、冷凍冷蔵機器の消費電力に起因するCO2削減の両方を目的に、高水準の省エネ性能を備えた“脱炭素型自然冷媒機器”の導入費用を補助する制度です。
補助対象は、冷凍冷蔵倉庫、食品製造工場、食品小売店舗で、冷凍冷蔵倉庫の設備更新や食品工場のフリーザー、食品小売店舗等における低温ショーケース等、コールドチェーンを支える機器の導入が対象となります。
省力化投資補助金（一般型）（経済産業省）
省力化投資補助金は、中小企業等の売上拡大や生産性向上を後押しするため、IoT・ロボット等の人手不足解消に効果がある設備の導入を支援する制度です。経費の一部を補助することにより省力化投資を促進することで、中小企業等の付加価値額や生産性向上を図り、賃上げにつなげることを目的としています。
中でも一般型は、オーダーメイド型の設備やシステム構築など、幅広い投資が対象となります。
建物改修
老朽化した市場施設は、衛生・安全・動線の問題が品質と効率に直結します。建物改修は「建物を直す」だけだと補助金の目的とズレやすいので、補助金の目的に合わせて衛生基準対応・作業動線短縮・温度管理強化・BCPなど、事業効果につながる言葉で整理するのがポイントです。
成長加速化補助金（経済産業省）
中小企業がデジタル化・生産設備の更新・組織体制の強化など、企業の成長を加速させる取り組みに必要な費用を補助することで、「高付加価値化」「生産性の向上」「新市場・新事業への展開」といった成長戦略の実行を支援する制度です。本制度は名称のとおり企業の成長を後押しする制度となっており、対象者は売上高10億円以上100億円未満の中小企業で、「100億宣言」を実施していること等が要件です。
本補助金では建物費が対象となります。具体的には補助事業のために使用する建物の建設・増築・改築や、中古建物の購入等が対象になり得ます（※一方で、減価償却資産に組み入れできない撤去・解体費は対象外）。建物費の他にも機械装置やソフトウェア、外注費等も対象となります。
省エネ・GX
青果市場は冷蔵・冷凍、照明、空調などで電力依存が高く、原価上昇の影響を受けやすい業種です。省エネや環境配慮の設備を導入することで補助金が支払われる可能性があります。
省エネルギー投資促進支援事業費補助金（SII）
省エネルギー投資促進支援事業費補助金は、事業者が工場・事業所等で使っている設備を、より省エネ性能の高い設備へ更新する際の費用を支援する補助金です。青果市場の場合は、冷凍冷蔵設備・空調・LED・モータなどの更新が典型的な検討対象になります。
ただし、対象となるのはSIIが登録・公表している指定設備へ更新となります（例：高効率空調、ボイラ、変圧器、冷凍冷蔵設備、産業用モータ、制御機能付きLED、工作機械等）。導入する設備が対象かどうか、あらかじめ確認するようにしましょう。
脱炭素社会実現に向けた省エネルギー技術の研究開発・社会実装促進プログラム（NEDO）
脱炭素社会実現に向けた省エネルギー技術の研究開発・社会実装促進プログラムは、産業・民生・運輸など業種横断で大幅な省エネに寄与する技術について、研究開発〜事業化（社会実装）までをシームレスに支援するNEDOの支援制度です。
IT導入・DX推進
ものづくり補助金（経済産業省）
ものづくり補助金（ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金）は、生産性向上に資する革新的な新製品・新サービス開発や海外需要開拓を目的とした設備投資・システム導入で活用できる補助金です。製造業に限らず幅広い業種が対象です。
青果市場において想定されるテーマは、例えば以下です。
選別・仕分け工程の自動化（品質の均一化・省人化）
低温物流を含む一気通貫のオペレーション改善（ロス削減・回転率向上）
付加価値サービス（温度保証、トレーサビリティ提供、輸出仕様のパッケージ化）
その他にも新製品・新サービスに該当する取り組みがあれば是非検討してみてください。
デジタル化・AI導入補助金（経済産業省）
デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）は、自社課題に合ったITツール導入で労働生産性向上を支援するための補助金です。ソフトウェア購入費やクラウド利用料（最大2年分）、導入コンサル等が対象として整理されています。業務プロセスの例として「供給・在庫・物流」などが明記されており、青果市場の在庫・物流DXと相性が良いのが特徴です。
販路拡大
国内需要が伸びにくい環境では、青果市場も「集荷・卸」だけでなく、加工・ギフト・D2C・業務用直販・外食向け提案など売り方のバリエーションが重要になります。販路拡大は、設備投資ほど金額は大きくなくても、利益率を押し上げる効果が見込めます。
新事業進出補助金（経済産業省）
新事業進出補助金は、既存事業と異なる事業への挑戦として、新市場・高付加価値事業への進出を後押しし、生産性向上と賃上げにつなげることを目的とした制度です。新しい顧客に対して新しい商品・サービスを提供するという場合に該当します。設備投資だけでなく広告宣伝費や建物費など幅広い経費が対象となります。
＜青果市場における新事業の例＞
産地と連携した高付加価値フルーツのブランド化（ギフト・サブスク）
加工（カットフルーツ等）や業務用パッケージの内製化
低温物流・温度保証をセットにしたサービス化
EC・法人向け受注の仕組みづくり（受注から出荷の一体運用） など
小規模事業者持続化補助金（経済産業省）
小規模事業者持続化補助金は、自ら策定した経営計画に基づく販路開拓等の取組を支援する制度です。名称の通り、小規模事業者（常時使用する従業員数が、商業・サービス業は5人以下、宿泊・娯楽/製造業等は20人以下など）を対象とした制度で、対象経費の幅と取り組みやすさの2点において人気の制度です。小規模の青果仲卸・関連事業者にとって、販促や小規模な改装・販路づくりに使いやすいのが特徴です。
輸出・海外展開
重要市場の商流維持・拡大対策（農林水産省）
農林水産省が公募する「重要市場の商流維持・拡大対策（補助事業）」は、輸出力強化に力を入れたい青果市場事業者にとって大きな追い風となる制度です。青果市場事業者の立場で言えば、海外のバイヤーとの取引を強化したい、輸出用の選果・梱包施設を整備したい、といったニーズに対応しやすいでしょう。
また、近年では海外市場における「日本産」への評価が高まっており、特に高付加価値フルーツなどの販売ルート拡大に注目が集まっています。商談会やプロモーションにかかる経費も一定割合で補助されるため、海外展開を検討している事業者はぜひ検討してください。
農林水産物・食品輸出促進緊急対策事業（農林水産省）
他にも、農林水産省では輸出強化のための補助金制度を行っています。農林水産物・食品輸出促進緊急対策事業は、農林水産物・食品の輸出拡大に向け、輸出先国・地域が求める規制への対応体制を強化するための補助事業です。輸出の障害となり得る規制課題の解決に向け、事業者が実施する農薬・動物用医薬品・汚染物質等の残留物質モニタリング検査に必要な取組を支援します。
国内市場のみならず海外市場の開拓に資金を投下できるため、青果市場事業者が輸出の足がかりを作るうえで強い後押しとなるでしょう。
ものづくり補助金（グローバル枠）（経済産業省）
ものづくり補助金にはグローバル枠という海外需要に特化した申請枠が準備されています。これは中小企業・小規模事業者が海外需要開拓に取り組み、国内の生産性向上につなげるための設備投資等を支援する申請枠です。対象となる取組は、海外への直接投資／海外市場開拓（輸出）／インバウンド対応／海外企業との共同事業など。機械装置・システム構築などの投資が中心で、グローバル枠のうち海外市場開拓（輸出）に関する事業の場合のみ、海外旅費、通訳・翻訳費、広告宣伝・販売促進費が補助対象となります。
地方自治体の補助金
国の補助金に加えて、地方自治体も独自に補助金や助成金を設けるケースが増えています。自治体ごとに名称や支援内容は異なりますが、例えば以下の事例があります。
上記のように、自治体の補助金ではDXや環境対策、人材確保など、地域課題を踏まえた支援が展開されるケースが多いです。特に東京都の「中央卸売市場経営強靭化推進事業補助金」は、青果市場事業者がDX導入や省エネ更新等を行う際に強い追い風となります。補助率や補助上限も比較的高く、事業継続計画（BCP）と併せた取り組みへの支援枠もあります。ただし応募数が多い場合は早期締切になることもあるため、こまめに情報をチェックし締切をしっかり把握しましょう。
さらに人材確保に悩む事業所には、農業雇用人材マッチング促進支援事業（宮崎県）といった制度も確認すると良いでしょう。青果市場では荷受けから仕分けまで幅広い業務があるため、人員不足が特に深刻な場合には補助金を使って就業環境の整備や研修を充実させ、人材育成を図ることが可能となります。
申請時に押さえておきたいポイント
各補助金の概要がつかめたら、次は具体的な申請のポイントを理解することが重要です。期限内に必要書類を整えて提出するのはもちろんのこと、審査で求められる観点を押さえておくと、通りやすくなる可能性が高まります。
要件と対象経費の確認方法
補助金ごとに要件や対象となる経費は細かく規定されています。たとえば、ものづくり補助金では試作開発や生産プロセスの改善に資する設備投資、システム導入が対象となりますが、単なる従来機種への買い替えなどは認められない場合があります。
同様に、小規模事業者持続化補助金では「広告宣伝費」「販売促進費」などが広く対象になる一方、事業者の通常業務に関わる人件費や光熱費などは対象外となるのが一般的です。青果市場事業者の場合は、冷蔵庫や在庫管理システムなどが対象経費に入りそうだったとしても、運搬用の車両や燃料費は対象にならないこともあります。
確認方法としては、まずは公募要領をしっかり読み込むことが不可欠です。多くの補助金では公式サイトに「公募要領（申請マニュアル）」が公開されており、そのなかに対象経費と除外される経費が例示されているので、必ずチェックしましょう。次に不明点があれば、公式の問い合わせ窓口や自治体の担当部署に連絡し、書面で確認するのがおすすめです。
また、対象経費をまとめる際には、必ず見積書や発注書とセットで準備しましょう。補助事業計画書を作成する段階で経費項目ごとに見積もりを揃え、採択後の実績報告とも整合性をとれるようにしておきます。計画と実績が乖離しすぎると、補助金が減額されたり、最悪の場合返還が必要になるリスクも存在します。
書類作成とオンライン申請の流れ
補助金の申請手続きは、多くの場合オンライン申請（電子申請）が主流となっています。たとえば、ものづくり補助金やIT導入補助金、小規模事業者持続化補助金などで用いられているような独自ポータルサイトが開設される場合もあります。
以下に一般的な申請フロー例を示します。
＜補助金申請の一般的なフロー＞
この流れを踏まえると、申請開始前の段階で事業計画書の作り込みと経費の見積り準備が重要になることがわかります。またオンライン申請で利用するIDの取得には時間がかかることもあるため、早めのアクションが重要です。締切が迫ってからの申請開始では間に合わないケースもあるため、注意が必要です。
なお、補助金によっては、申請書類に認定支援機関や金融機関の確認書が必要になることがあります。認定支援機関は税理士や中小企業診断士、公的機関などが該当し、事業計画の妥当性や経営改善の視点からアドバイスをしてくれます。また金融機関は補助金で賄う事業の実施に向け、資金面でのサポートをしてくれます。いずれも確認に時間がかかることがあるため、あらかじめ相談しておくようにしましょう。
また具体的な申請手続きや事業計画書の作成にあたっては、それを専門としている民間コンサルティング会社に依頼するのがおすすめです。行政手続きは非常に複雑である上、ミスが許されない書面での手続きが基本となります。その点、経験のある事業者に支援を依頼しておくと安心です。
審査で見られる加点要素と注意点
補助金には、申請要件以外にも「加点要素」が設定されることが多いです。加点要素として典型的に挙げられるのは、賃上げ計画や働きやすい職場環境の整備、DX推進、事業再生への取り組みなどです。
賃上げ要件：賃金引上げを計画し、実際に実施できた事業者には加点や補助率の引き上げが適用されることがある
女性や若者の活躍推進：くるみん・えるぼし認定などを受けている企業は評価が上がる場合がある
パートナーシップ構築宣言：取引先と共に共存共栄を目指す企業姿勢を示すと評価される
SDGs・環境対応：シェアリングエコノミーや省エネ機器の導入でCO2削減を図るなど、持続可能性の観点を示す
一方で注意したいのは、申請内容と実際の事業内容が乖離しないことです。例えば採択後に「予定していたシステムの仕様を大幅に変えずに済ませた」となると、当初の申請計画に基づく補助対象外とみなされるリスクも考えられます。必ず実際の導入内容や成果を報告できるように準備しましょう。
さらに、最近では補助事業をきっかけにIT導入や設備再編を行った企業が、その後の管理体制を整備していないことで補助金の返還リスクが生じるケースも散見されます。補助金で導入した設備は「使い続けること」が基本ルールとなるため、他の用途への転用や短期間での手放しには細心の注意が必要です。
まとめ
青果市場事業者は、生鮮品を安定的に供給する流通の要です。国内市場の縮小やコスト上昇、そして海外需要の高まりなどを背景に、経営環境はこれまで以上にスピード感ある対応が求められています。そんな中、国や自治体が実施する補助金を活用すれば、設備投資や新たな販路開拓、人材育成を効率的に進めることが可能となります。
今後のアクションとしては、まず自社の経営課題を洗い出し、それにフィットした補助金を検討することが大切です。公募要領のチェックや申請期限の把握を早めに行い、不明点があれば公的機関や認定支援機関に相談しましょう。しっかりと事業計画を作り、認定支援機関の伴走支援を受ければ採択の可能性も高まり、かつ事業実行後の成果も大きくなるでしょう。
補助金コネクトでは、最新の補助金や助成金情報、申請のコツを随時更新しています。さらに専門家への無料相談も可能です。申請書作成や要件確認でお困りの際は、ぜひお気軽にご連絡ください。補助金を活用して青果市場の未来を切り開き、新たなマーケットの可能性を共に探っていきましょう。
